결국은 박유현 님의 말씀대로 콤마(,)를 치환하여 작업하였습니다.
마땅한 치환 문자를 찾다가 모양이 비슷하게 생긴 특수문자(¸)를 사용했습니다.

1. TR POST 시
   form.comments.value.replace( /[,]/g, "¸")
2. 조회시는 QUERY에서 REPLACE 함수를 썼습니다.
   REPLACE(A.COMMENTS, '¸', ',')

판단에 도움을 주셔서 감사합니다. 수고~~~

>Tr 컴포넌트의 Parameters 속성에서 콤마(,)로 구분하기 때문에
>해당 값에 , 가 들어가 있는 경우 말씀하신 대로 문제가 발생합니다.
>
>프로젝트 중 같은 문제가 있어
>Parameters의 값에서 콤마(,)를 다른 문자로 치환한 다음
>실제 DB 처리 딴에서 다시 역으로 치환해서 해결했습니다.
>
>물론, 치환할 문자와 같은 문자가 존재할수도 있기 때문에 완변하다고는 할 수 없지만,
>치환할 문자를 잘 쓰지 않는 것으로 한다면 어느정도 막음이 될것 같습니다.
>
>예를 들면, 다음과 같이 하시면 됩니다.
>
>1. tr post 시
>
>function fn_OnSave() {
>    
>    if ( confirm ("저장 하시겠습니까?") ) {
>  
>        var mstrAAA = document.form.AAA.value.replace(/,/gi, ______@_____");
>        var mstrBBB = document.form.BBB.value.replace(/,/gi, "______@_____");  
>      
>        tbtr_sample.Parameters ="aaa=" + mstrAAA + ",bbb=" + mstrBBB ;
>        //alert(tbtr_sample.Parameters);
>        tbtr_sample.Post();
>    } else {
>        return;
>    }
>  
>}
>
>2. DB 처리시
>이때는 역으로 치환한 문자를 다시 콤마(,) 로 바꾸어서 DB에 넣어주시면 됩니다.
>
>
>도움이 되었으면 좋겠습니다.
>저는 일단 이렇게 해결했습니다만, 더 나은 방법이 있으시면 공유 부탁드리겠습니다.
>
>이상입니다.
>
>
>
>>게시판을 이용해 주셔서 감사합니다.
>>다음양식에 맞게 입력해주세요.
>>
>>* 고객시스템명 : GFMS
>>* 문의할 Component명 및 버전 : Tr 4.0
>>* DataSet 버전 : 4.0
>>* Tr 버전 : 4.0
>>* 문의 유형(질문/요청/참조) : 질문 및 요청
>>* 내용 :
>> Tr 컴포넌트에서 Parameters 속성 사용시, 콤마(,)를 값으로 넣어주고 싶은데 안 되네요. 어떤 방법으로 해야 하나요?
>> 콤마가 구분자로 사용되어서 그러는것 같은데 어찌 해야 합니까? 서버단에에 StringIndexOutOfBoundsException이 다음과 같은 에러 뜹니다.
>>java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: -1
>>        at java.lang.String.substring(String.java:1444)
>>        at com.gauce.filter.GauceFilter.D(Unknown Source)
>>        at com.gauce.filter.GauceFilter.B(Unknown Source)
>>        at com.gauce.filter.GauceFilter.doFilter(Unknown Source)
>>        at weblogic.servlet.internal.FilterChainImpl.doFilter(FilterChainImpl.java:27)
>>        at weblogic.servlet.internal.WebAppServletContext$ServletInvocationAction.run(WebAppServletContext.java:6724)
>>        at weblogic.security.acl.internal.AuthenticatedSubject.doAs(AuthenticatedSubject.java:321)
>>        at weblogic.security.service.SecurityManager.runAs(SecurityManager.java:121)
>>        at weblogic.servlet.internal.WebAppServletContext.invokeServlet(WebAppServletContext.java:3764)
>>        at weblogic.servlet.internal.ServletRequestImpl.execute(ServletRequestImpl.java:2644)
>>        at weblogic.kernel.ExecuteThread.execute(ExecuteThread.java:219)
>>        at weblogic.kernel.ExecuteThread.run(ExecuteThread.java:178)
>